Федеральные университеты, которые, согласно планам властей, должны составить элиту российских вузов, будут создаваться в форме автономных учреждений, что даст им широкую финансовую самостоятельность. При этом учреждаться они будут только президентским указом, ректоров будет назначать правительство, а финансы будут контролировать финансовые потоки, в которые войдут чиновники различных уровней. Таковы основные положения законопроекта о федеральных университетах, утвержденного правительством,

Статус автономных учреждений позволит федеральным университетам получать государственное финансирование в виде субсидий и распоряжаться деньгами по своему усмотрению. Кроме того, они смогут открывать самостоятельные банковские счета и создавать малые предприятия. Федеральные университеты смогут самостоятельно определять требования к студентам и учить их по собственным программам. По информации "Коммерсанта", федеральным университетам также могут дать право выдавать дипломы собственного образца и присваивать ученые степени. Бюджетное финансирование федеральных университетов будет значительно выше, чем у других государственных вузов. Многие ректоры утверждают, что тем самым их вузы ставят на грань закрытия. Уже созданы Сибирский, Южный и Дальневосточный федеральные университеты. Правтельство одобрило создание еще двух из них в Москве - на базе Инженерно-физического института (МИФИ) и Института стали и сплавов (МИСиС).